Поиск мотивов последовательности
Находите перекрывающиеся буквальные или неоднозначно заданные мотивы в FASTA DNA или RNA с явными правилами выбора цепей и сопоставления.
Ищет в каждой записи FASTA без учёта регистра, включая перекрывающиеся совпадения. Буквальный режим сравнивает символы точно. Режим возможного совпадения требует пересечения множеств оснований IUPAC в каждой позиции. Режим гарантированного совпадения требует, чтобы мотив допускал каждое возможное основание последовательности. Режим обеих цепей также ищет обратный комплемент мотива и выдаёт координаты на исходной прямой последовательности. Палиндромные мотивы могут давать две строки для разных цепей в одной позиции. Координаты начинаются с единицы и включают обе границы. Поддерживаются только линейные DNA или RNA без пропусков; это не выравнивание, поиск гомологии, анализ вариантов или биологической значимости. Работает локально без загрузки данных или обращения к базам. Ограничения: 500000 символов ввода суммарно, 2000 записей, 2000 ошибок проверки, мотив длиной 1000 символов, 20000 совпадений и 10000000 сравнений символов. Превышение ограничения отклоняет весь отчёт. Каждый экспорт ограничен 3000000 символов; типизированный CSV допускает 200000 значений. Предпросмотр показывает 200 строк. Обработка останавливается через 10 секунд. До 500 000 символов. Проверьте настройки перед запуском.
Ваш результат
Поиск мотивов последовательности
- Вставьте FASTA DNA или RNA без пропусков и введите мотив IUPAC.
- Выберите буквальное, возможное или гарантированное сопоставление и одну или обе цепи.
- Проверьте координаты на прямой исходной последовательности с обеими границами включительно и скачайте все совпадения.
Что нужно знать
Ищет в каждой записи FASTA без учёта регистра, включая перекрывающиеся совпадения. Буквальный режим сравнивает символы точно. Режим возможного совпадения требует пересечения множеств оснований IUPAC в каждой позиции. Режим гарантированного совпадения требует, чтобы мотив допускал каждое возможное основание последовательности. Режим обеих цепей также ищет обратный комплемент мотива и выдаёт координаты на исходной прямой последовательности. Палиндромные мотивы могут давать две строки для разных цепей в одной позиции. Координаты начинаются с единицы и включают обе границы. Поддерживаются только линейные DNA или RNA без пропусков; это не выравнивание, поиск гомологии, анализ вариантов или биологической значимости. Работает локально без загрузки данных или обращения к базам. Ограничения: 500000 символов ввода суммарно, 2000 записей, 2000 ошибок проверки, мотив длиной 1000 символов, 20000 совпадений и 10000000 сравнений символов. Превышение ограничения отклоняет весь отчёт. Каждый экспорт ограничен 3000000 символов; типизированный CSV допускает 200000 значений. Предпросмотр показывает 200 строк. Обработка останавливается через 10 секунд.