Sekvenssimotiivin etsijä
Etsi päällekkäiset kirjaimelliset tai monitulkintaisuuskoodatut motiivit DNA- tai RNA-FASTA:sta selkeillä juoste- ja täsmäytyssäännöillä.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Tuloksesi
Sekvenssimotiivin etsijä
- Liitä aukoton DNA- tai RNA-FASTA ja anna IUPAC-motiivi.
- Valitse kirjaimellinen, mahdollinen tai varma täsmäytys sekä yksi tai molemmat juosteet.
- Tarkista alkuperäisen eteenpäin luettavan sekvenssin päätepisteet sisältävät koordinaatit ja lataa kaikki osumat.
Mitä on hyvä tietää
Etsii jokaisesta FASTA-tietueesta kirjainkoosta riippumatta myös päällekkäiset osumat. Kirjaimellinen tila vertaa symboleja täsmällisesti. Mahdollinen-tila vaatii IUPAC-emäsjoukkojen leikkauksen joka kohdassa. Varma-tila vaatii motiivin sallivan jokaisen mahdollisen sekvenssiemäksen. Molempien juosteiden tila etsii myös motiivin käänteiskomplementtia ja ilmoittaa koordinaatit alkuperäisessä eteenpäin luettavassa sekvenssissä. Palindrominen motiivi voi tuottaa samassa kohdassa kaksi juostekohtaista riviä. Koordinaatit alkavat yhdestä ja sisältävät päätepisteet. Vain lineaarinen, aukoton DNA tai RNA tuetaan; tämä ei ole kohdistus-, homologia-, variantti- tai biologisen merkityksen analyysi. Toimii paikallisesti ilman lähetyksiä tai tietokantahakuja. Rajat: yhteensä 500000 syötemerkkiä, 2000 tietuetta, 2000 tarkistusvirhettä, 1000 symbolin motiivi, 20000 osumaa ja 10000000 symbolivertailua. Rajan ylitys hylkää koko raportin. Kukin vienti on enintään 3000000 merkkiä; tyypitetty CSV sallii 200000 arvoa. Esikatselu näyttää 200 riviä. Käsittely pysähtyy 10 sekunnin jälkeen.