Secības motīvu meklētājs
Atrodiet pārklājošus burtiskus vai neviennozīmīgi kodētus motīvus DNA vai RNA FASTA ar skaidriem pavedienu un atbilstības noteikumiem.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Jūsu rezultāts
Secības motīvu meklētājs
- Ielīmējiet DNA vai RNA FASTA bez spraugām un ievadiet IUPAC motīvu.
- Izvēlieties burtisku, iespējamu vai drošu atbilstību un vienu vai abus pavedienus.
- Pārskatiet sākotnējās tiešās secības koordinātas ar abiem galiem un lejupielādējiet visas atbilstības.
Kas jāzina
Meklē katrā FASTA ierakstā neatkarīgi no burtu reģistra, ieskaitot pārklājošas atbilstības. Burtiskais režīms precīzi salīdzina simbolus. Iespējamais režīms prasa IUPAC bāzu kopu šķēlumu katrā pozīcijā. Drošais režīms prasa, lai motīvs atļautu katru iespējamo secības bāzi. Abu pavedienu režīms meklē arī motīva reverso komplementu un ziņo koordinātas sākotnējā tiešajā secībā. Palindromiski motīvi vienā pozīcijā var radīt divas pavedieniem atsevišķas rindas. Koordinātas sākas no viena un ietver abus galus. Atbalsta tikai lineāru DNA vai RNA bez spraugām; tā nav līdzinājuma, homoloģijas, variantu vai bioloģiskās nozīmes analīze. Darbojas lokāli bez augšupielādes vai datubāzes meklēšanas. Ierobežojumi: kopā 500000 ievades rakstzīmju, 2000 ierakstu, 2000 pārbaudes problēmu, 1000 simbolu motīvs, 20000 atbilstību un 10000000 simbolu salīdzinājumu. Pārsniedzot robežu, noraida visu pārskatu. Katrs eksports ir līdz 3000000 rakstzīmēm; tipizētais CSV atļauj 200000 vērtību. Priekšskatījumā rāda 200 rindas. Apstrādi pārtrauc pēc 10 sekundēm.