Vyhledávač motivů sekvencí
Najděte překrývající se doslovné nebo nejednoznačně kódované motivy ve FASTA DNA nebo RNA s výslovnými pravidly vláken a porovnávání.
Prohledává každý záznam FASTA bez rozlišení velikosti písmen a zahrnuje překrývající se shody. Doslovný režim porovnává symboly přesně. Režim možné shody vyžaduje průnik množin bází IUPAC v každé pozici. Režim jisté shody vyžaduje, aby motiv připouštěl každou možnou bázi sekvence. Režim obou vláken hledá i reverzní komplement motivu a uvádí souřadnice na původní dopředné sekvenci. Palindromické motivy mohou vytvořit dva řádky pro různá vlákna na jedné pozici. Souřadnice začínají jedničkou a zahrnují oba krajní body. Podporovány jsou pouze lineární DNA nebo RNA bez mezer; nejde o zarovnání ani analýzu homologie, variant nebo biologického významu. Běží místně bez odesílání nebo dotazů do databází. Limity: celkem 500000 vstupních znaků, 2000 záznamů, 2000 problémů při kontrole, motiv o 1000 symbolech, 20000 shod a 10000000 porovnání symbolů. Překročení limitu odmítne celou zprávu. Každý export je omezen na 3000000 znaků; typovaný CSV dovoluje 200000 hodnot. Náhled zobrazuje 200 řádků. Zpracování se zastaví po 10 sekundách. Nejvýše 500 000 znaků. Před spuštěním zkontrolujte nastavení.
Váš výsledek
Vyhledávač motivů sekvencí
- Vložte FASTA DNA nebo RNA bez mezer a zadejte motiv IUPAC.
- Vyberte doslovné, možné nebo jisté porovnávání a jedno nebo obě vlákna.
- Prohlédněte souřadnice na původní dopředné sekvenci včetně krajních bodů a stáhněte všechny shody.
Co očekávat
Prohledává každý záznam FASTA bez rozlišení velikosti písmen a zahrnuje překrývající se shody. Doslovný režim porovnává symboly přesně. Režim možné shody vyžaduje průnik množin bází IUPAC v každé pozici. Režim jisté shody vyžaduje, aby motiv připouštěl každou možnou bázi sekvence. Režim obou vláken hledá i reverzní komplement motivu a uvádí souřadnice na původní dopředné sekvenci. Palindromické motivy mohou vytvořit dva řádky pro různá vlákna na jedné pozici. Souřadnice začínají jedničkou a zahrnují oba krajní body. Podporovány jsou pouze lineární DNA nebo RNA bez mezer; nejde o zarovnání ani analýzu homologie, variant nebo biologického významu. Běží místně bez odesílání nebo dotazů do databází. Limity: celkem 500000 vstupních znaků, 2000 záznamů, 2000 problémů při kontrole, motiv o 1000 symbolech, 20000 shod a 10000000 porovnání symbolů. Překročení limitu odmítne celou zprávu. Každý export je omezen na 3000000 znaků; typovaný CSV dovoluje 200000 hodnot. Náhled zobrazuje 200 řádků. Zpracování se zastaví po 10 sekundách.