Szekvenciamotívum-kereső
Keressen átfedő szó szerinti vagy bizonytalan bázisokkal kódolt motívumokat DNA- vagy RNA-FASTA-adatokban, egyértelmű szál- és illesztési szabályokkal.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Az eredményed
Szekvenciamotívum-kereső
- Illesszen be hézagmentes DNA- vagy RNA-FASTA-adatot, és adjon meg IUPAC-motívumot.
- Válasszon szó szerinti, lehetséges vagy biztos illesztést, illetve egy vagy mindkét szálat.
- Ellenőrizze az eredeti előre irányú szekvencia végpontokat tartalmazó koordinátáit, és töltsön le minden találatot.
Mire számíthatsz
Minden FASTA-rekordban kis- és nagybetűtől függetlenül keres, az átfedő találatokat is beleértve. A szó szerinti mód pontosan hasonlítja a szimbólumokat. A lehetséges mód minden pozíciónál metsző IUPAC-bázishalmazokat követel. A biztos módhoz a motívumnak a szekvencia minden lehetséges bázisát engednie kell. A mindkét szál mód a motívum reverz komplementerét is keresi, és az eredeti előre irányú szekvencián ad koordinátákat. A palindrom motívumok egy pozícióban két szálhoz tartozó sort adhatnak. A koordináták egytől számozottak, mindkét végponttal. Csak lineáris, hézagmentes DNA vagy RNA támogatott; ez nem illesztési, homológia-, variáns- vagy biológiai jelentőségi elemzés. Helyben fut, feltöltés és adatbázis-lekérdezés nélkül. Korlátok: összesen 500000 bemeneti karakter, 2000 rekord, 2000 ellenőrzési hiba, 1000 szimbólumos motívum, 20000 találat és 10000000 szimbólum-összehasonlítás. Bármely korlát túllépése elutasítja a teljes jelentést. Egy export legfeljebb 3000000 karakter; a típusozott CSV 200000 értéket enged. Az előnézet 200 sort mutat. A feldolgozás 10 másodperc után leáll.