Zoeker voor sequentiemotieven
Vind overlappende letterlijke of ambigu gecodeerde motieven in DNA- of RNA-FASTA met expliciete streng- en vergelijkingsregels.
Doorzoekt elk FASTA-record hoofdletterongevoelig, inclusief overlappende treffers. Letterlijke modus vergelijkt symbolen exact. Mogelijke modus vereist overlappende IUPAC-basenverzamelingen op elke positie. Zekere modus vereist dat het motief elke mogelijke sequentiebase toelaat. Beide-strengenmodus zoekt ook het omgekeerde motiefcomplement en meldt coördinaten op de oorspronkelijke voorwaartse sequentie. Palindromen kunnen twee strengspecifieke rijen op één positie geven. Coördinaten zijn één-gebaseerd en inclusief. Alleen lineair DNA of RNA zonder gaten; geen uitlijning, homologie-, variant- of biologische-betekenisanalyse. Werkt lokaal zonder uploads of databasezoekactie. Grenzen: samen 500000 invoertekens, 2000 records, 2000 validatieproblemen, motief van 1000 symbolen, 20000 treffers en 10000000 symboolvergelijkingen. Overschrijding weigert het hele rapport. Elke export maximaal 3000000 tekens; getypeerde CSV maximaal 200000 waarden. Voorbeeld van 200 rijen. Verwerking stopt na 10 seconden. Maximaal 500.000 tekens. Controleer de instellingen voordat je de analyse uitvoert.
Je resultaat
Zoeker voor sequentiemotieven
- Plak DNA- of RNA-FASTA zonder gaten en voer een IUPAC-motief in.
- Kies letterlijke, mogelijke of zekere vergelijking en één of beide strengen.
- Bekijk inclusieve coördinaten op de oorspronkelijke voorwaartse bron en download elke treffer.
Wat je kunt verwachten
Doorzoekt elk FASTA-record hoofdletterongevoelig, inclusief overlappende treffers. Letterlijke modus vergelijkt symbolen exact. Mogelijke modus vereist overlappende IUPAC-basenverzamelingen op elke positie. Zekere modus vereist dat het motief elke mogelijke sequentiebase toelaat. Beide-strengenmodus zoekt ook het omgekeerde motiefcomplement en meldt coördinaten op de oorspronkelijke voorwaartse sequentie. Palindromen kunnen twee strengspecifieke rijen op één positie geven. Coördinaten zijn één-gebaseerd en inclusief. Alleen lineair DNA of RNA zonder gaten; geen uitlijning, homologie-, variant- of biologische-betekenisanalyse. Werkt lokaal zonder uploads of databasezoekactie. Grenzen: samen 500000 invoertekens, 2000 records, 2000 validatieproblemen, motief van 1000 symbolen, 20000 treffers en 10000000 symboolvergelijkingen. Overschrijding weigert het hele rapport. Elke export maximaal 3000000 tekens; getypeerde CSV maximaal 200000 waarden. Voorbeeld van 200 rijen. Verwerking stopt na 10 seconden.