Căutător de motive în secvențe
Localizează motive literale sau codificate ambiguu care se suprapun în FASTA DNA sau RNA, cu reguli explicite pentru catene și potrivire.
Caută în fiecare înregistrare FASTA fără a distinge majusculele de minuscule și include potrivirile suprapuse. Modul literal compară exact simbolurile. Modul de potrivire posibilă cere intersectarea mulțimilor de baze IUPAC la fiecare poziție. Modul de potrivire sigură cere ca motivul să permită fiecare bază posibilă a secvenței. Modul pentru ambele catene caută și complementul invers al motivului și raportează coordonatele pe secvența originală directă. Motivele palindromice pot produce două rânduri pentru catene diferite la aceeași poziție. Coordonatele încep de la unu și includ ambele capete. Sunt acceptate numai DNA sau RNA liniare, fără goluri; aceasta nu este o aliniere sau o analiză a omologiei, variantelor ori semnificației biologice. Rulează local, fără încărcări sau interogări în baze de date. Limite: 500000 de caractere de intrare în total, 2000 de înregistrări, 2000 de probleme de validare, un motiv de 1000 de simboluri, 20000 de potriviri și 10000000 de comparații de simboluri. Depășirea unei limite respinge întregul raport. Fiecare export este limitat la 3000000 de caractere; CSV tipizat permite 200000 de valori. Previzualizarea afișează 200 de rânduri. Procesarea se oprește după 10 secunde. Până la 500.000 de caractere. Verifică setările înainte de rulare.
Rezultatul tău
Căutător de motive în secvențe
- Lipește FASTA DNA sau RNA fără goluri și introdu un motiv IUPAC.
- Alege potrivire literală, posibilă sau sigură și una sau ambele catene.
- Examinează coordonatele pe secvența originală directă, cu capetele incluse, și descarcă toate potrivirile.
La ce să te aștepți
Caută în fiecare înregistrare FASTA fără a distinge majusculele de minuscule și include potrivirile suprapuse. Modul literal compară exact simbolurile. Modul de potrivire posibilă cere intersectarea mulțimilor de baze IUPAC la fiecare poziție. Modul de potrivire sigură cere ca motivul să permită fiecare bază posibilă a secvenței. Modul pentru ambele catene caută și complementul invers al motivului și raportează coordonatele pe secvența originală directă. Motivele palindromice pot produce două rânduri pentru catene diferite la aceeași poziție. Coordonatele încep de la unu și includ ambele capete. Sunt acceptate numai DNA sau RNA liniare, fără goluri; aceasta nu este o aliniere sau o analiză a omologiei, variantelor ori semnificației biologice. Rulează local, fără încărcări sau interogări în baze de date. Limite: 500000 de caractere de intrare în total, 2000 de înregistrări, 2000 de probleme de validare, un motiv de 1000 de simboluri, 20000 de potriviri și 10000000 de comparații de simboluri. Depășirea unei limite respinge întregul raport. Fiecare export este limitat la 3000000 de caractere; CSV tipizat permite 200000 de valori. Previzualizarea afișează 200 de rânduri. Procesarea se oprește după 10 secunde.