Wyszukiwarka motywów sekwencji
Znajdź nakładające się dosłowne lub niejednoznacznie kodowane motywy we FASTA DNA lub RNA z wyraźnymi regułami nici i dopasowania.
Przeszukuje każdy rekord FASTA bez rozróżniania wielkości liter i uwzględnia nakładające się dopasowania. Tryb dosłowny porównuje symbole dokładnie. Tryb możliwego dopasowania wymaga przecięcia zbiorów zasad IUPAC na każdej pozycji. Tryb pewnego dopasowania wymaga, aby motyw dopuszczał każdą możliwą zasadę sekwencji. Tryb obu nici szuka też odwrotnego komplementu motywu i podaje współrzędne względem oryginalnej sekwencji w kierunku prostym. Motywy palindromowe mogą dać dwa wiersze dla różnych nici na jednej pozycji. Współrzędne zaczynają się od jedynki i obejmują oba końce. Obsługiwane są tylko liniowe DNA lub RNA bez luk; nie jest to przyrównanie ani analiza homologii, wariantów lub znaczenia biologicznego. Działa lokalnie bez przesyłania danych ani zapytań do baz. Limity: łącznie 500000 znaków wejściowych, 2000 rekordów, 2000 problemów walidacji, motyw z 1000 symboli, 20000 dopasowań i 10000000 porównań symboli. Przekroczenie limitu odrzuca cały raport. Każdy eksport jest ograniczony do 3000000 znaków; typowany CSV dopuszcza 200000 wartości. Podgląd pokazuje 200 wierszy. Przetwarzanie zatrzymuje się po 10 sekundach. Do 500000 znaków. Sprawdź ustawienia przed uruchomieniem.
Twój wynik
Wyszukiwarka motywów sekwencji
- Wklej FASTA DNA lub RNA bez luk i wpisz motyw IUPAC.
- Wybierz dopasowanie dosłowne, możliwe lub pewne oraz jedną lub obie nici.
- Przejrzyj współrzędne względem oryginalnej sekwencji w kierunku prostym z końcami włącznie i pobierz wszystkie dopasowania.
Warto wiedzieć
Przeszukuje każdy rekord FASTA bez rozróżniania wielkości liter i uwzględnia nakładające się dopasowania. Tryb dosłowny porównuje symbole dokładnie. Tryb możliwego dopasowania wymaga przecięcia zbiorów zasad IUPAC na każdej pozycji. Tryb pewnego dopasowania wymaga, aby motyw dopuszczał każdą możliwą zasadę sekwencji. Tryb obu nici szuka też odwrotnego komplementu motywu i podaje współrzędne względem oryginalnej sekwencji w kierunku prostym. Motywy palindromowe mogą dać dwa wiersze dla różnych nici na jednej pozycji. Współrzędne zaczynają się od jedynki i obejmują oba końce. Obsługiwane są tylko liniowe DNA lub RNA bez luk; nie jest to przyrównanie ani analiza homologii, wariantów lub znaczenia biologicznego. Działa lokalnie bez przesyłania danych ani zapytań do baz. Limity: łącznie 500000 znaków wejściowych, 2000 rekordów, 2000 problemów walidacji, motyw z 1000 symboli, 20000 dopasowań i 10000000 porównań symboli. Przekroczenie limitu odrzuca cały raport. Każdy eksport jest ograniczony do 3000000 znaków; typowany CSV dopuszcza 200000 wartości. Podgląd pokazuje 200 wierszy. Przetwarzanie zatrzymuje się po 10 sekundach.