Søk etter sekvensmotiver
Finn overlappende bokstavelige eller tvetydighetskodede motiver i DNA- eller RNA-FASTA med tydelige streng- og matchregler.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Resultatet ditt
Søk etter sekvensmotiver
- Lim inn DNA- eller RNA-FASTA uten gap og angi et IUPAC-motiv.
- Velg bokstavelig, mulig eller sikker matching og én eller begge strenger.
- Se inklusive koordinater på opprinnelig fremoversekvens og last ned alle treff.
Dette bør du vite
Søker i alle FASTA-poster uavhengig av bokstavstørrelse og inkluderer overlappende treff. Bokstavelig modus sammenligner symboler nøyaktig. Mulig modus krever overlappende IUPAC-basesett på hver posisjon. Sikker modus krever at motivet tillater hver mulig sekvensbase. Begge-strenger-modus søker også motivets omvendte komplement og rapporterer koordinater i den opprinnelige fremoversekvensen. Palindrommotiver kan gi to strengspesifikke rader samme sted. Koordinater er enbaserte og inklusive. Bare lineær DNA eller RNA uten gap støttes; dette er ikke justering, homologi, variantanalyse eller vurdering av biologisk betydning. Kjører lokalt uten opplasting eller databaseoppslag. Grenser: 500000 samlede inndatategn, 2000 poster, 2000 valideringsproblemer, motiv på 1000 symboler, 20000 treff og 10000000 symbolsammenligninger. Overskridelse avviser hele rapporten. Hver eksport begrenses til 3000000 tegn; typet CSV tillater 200000 verdier. Forhåndsvisningen viser 200 rader. Behandlingen stopper etter 10 sekunder.