Vyhľadávač motívov sekvencií
Nájdite prekrývajúce sa doslovné alebo nejednoznačne kódované motívy vo FASTA DNA alebo RNA s výslovnými pravidlami vláken a porovnávania.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Váš výsledok
Vyhľadávač motívov sekvencií
- Vložte FASTA DNA alebo RNA bez medzier a zadajte motív IUPAC.
- Vyberte doslovné, možné alebo isté porovnávanie a jedno alebo obe vlákna.
- Prezrite súradnice na pôvodnej doprednej sekvencii vrátane krajných bodov a stiahnite všetky zhody.
Čo môžete očakávať
Prehľadáva každý záznam FASTA bez rozlišovania veľkosti písmen a zahŕňa prekrývajúce sa zhody. Doslovný režim porovnáva symboly presne. Režim možnej zhody vyžaduje prienik množín báz IUPAC v každej pozícii. Režim istej zhody vyžaduje, aby motív pripúšťal každú možnú bázu sekvencie. Režim oboch vláken hľadá aj reverzný komplement motívu a uvádza súradnice na pôvodnej doprednej sekvencii. Palindromické motívy môžu vytvoriť dva riadky pre rôzne vlákna na jednej pozícii. Súradnice začínajú jednotkou a zahŕňajú oba krajné body. Podporované sú len lineárne DNA alebo RNA bez medzier; nejde o zarovnanie ani analýzu homológie, variantov alebo biologického významu. Beží lokálne bez odosielania alebo dopytov do databáz. Limity: spolu 500000 vstupných znakov, 2000 záznamov, 2000 problémov pri kontrole, motív s 1000 symbolmi, 20000 zhôd a 10000000 porovnaní symbolov. Prekročenie limitu odmietne celú správu. Každý export je obmedzený na 3000000 znakov; typovaný CSV povoľuje 200000 hodnôt. Náhľad zobrazuje 200 riadkov. Spracovanie sa zastaví po 10 sekundách.