Εύρεση μοτίβων αλληλουχίας
Εντοπίστε επικαλυπτόμενα κυριολεκτικά ή κωδικοποιημένα με αμφισημία μοτίβα σε DNA ή RNA FASTA, με ρητούς κανόνες κλώνου και αντιστοίχισης.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Το αποτέλεσμά σας
Εύρεση μοτίβων αλληλουχίας
- Επικολλήστε DNA ή RNA FASTA χωρίς κενά και εισαγάγετε μοτίβο IUPAC.
- Επιλέξτε κυριολεκτική, δυνατή ή βέβαιη αντιστοίχιση και έναν ή και τους δύο κλώνους.
- Ελέγξτε τις συντεταγμένες της αρχικής ομόρροπης πηγής με τα άκρα τους και κατεβάστε όλες τις αντιστοιχίες.
Τι να περιμένετε
Αναζητά σε κάθε εγγραφή FASTA χωρίς διάκριση πεζών/κεφαλαίων και περιλαμβάνει επικαλυπτόμενες αντιστοιχίες. Η κυριολεκτική λειτουργία συγκρίνει ακριβώς σύμβολα. Η δυνατή αντιστοίχιση απαιτεί τομή των συνόλων βάσεων IUPAC σε κάθε θέση. Η βέβαιη αντιστοίχιση απαιτεί το μοτίβο να επιτρέπει κάθε δυνατή βάση της αλληλουχίας. Η λειτουργία και των δύο κλώνων αναζητά επίσης την αντίστροφη συμπληρωματική του μοτίβου και αναφέρει συντεταγμένες στην αρχική ομόρροπη αλληλουχία. Τα παλινδρομικά μοτίβα μπορεί να δώσουν δύο γραμμές για διαφορετικούς κλώνους στην ίδια θέση. Οι συντεταγμένες αρχίζουν από το ένα και περιλαμβάνουν τα άκρα. Υποστηρίζονται μόνο γραμμικά DNA ή RNA χωρίς κενά· δεν είναι ανάλυση ευθυγράμμισης, ομολογίας, παραλλαγών ή βιολογικής σημασίας. Εκτελείται τοπικά χωρίς μεταφόρτωση ή αναζήτηση σε βάση δεδομένων. Όρια: 500000 συνολικοί χαρακτήρες εισόδου, 2000 εγγραφές, 2000 προβλήματα επικύρωσης, μοτίβο 1000 συμβόλων, 20000 αντιστοιχίες και 10000000 συγκρίσεις συμβόλων. Υπέρβαση ορίου απορρίπτει ολόκληρη την αναφορά. Κάθε εξαγωγή περιορίζεται σε 3000000 χαρακτήρες· το τυποποιημένο CSV επιτρέπει 200000 τιμές. Η προεπισκόπηση δείχνει 200 γραμμές. Η επεξεργασία σταματά μετά από 10 δευτερόλεπτα.