Пошук мотивів послідовності
Знаходьте перекривні буквальні або неоднозначно задані мотиви у FASTA DNA або RNA з явними правилами вибору ланцюгів і зіставлення.
Шукає в кожному записі FASTA без урахування регістру, включно з перекривними збігами. Буквальний режим точно порівнює символи. Режим можливого збігу вимагає перетину множин основ IUPAC у кожній позиції. Режим гарантованого збігу вимагає, щоб мотив допускав кожну можливу основу послідовності. Режим обох ланцюгів також шукає зворотний комплемент мотиву й надає координати на початковій прямій послідовності. Паліндромні мотиви можуть давати два рядки для різних ланцюгів в одній позиції. Координати починаються з одиниці та включають обидві межі. Підтримуються лише лінійні DNA або RNA без прогалин; це не вирівнювання, пошук гомології, аналіз варіантів або біологічної значущості. Працює локально без завантаження даних або звернення до баз. Обмеження: 500000 символів введення сумарно, 2000 записів, 2000 помилок перевірки, мотив завдовжки 1000 символів, 20000 збігів і 10000000 порівнянь символів. Перевищення обмеження відхиляє весь звіт. Кожен експорт обмежено 3000000 символів; типізований CSV допускає 200000 значень. Попередній перегляд показує 200 рядків. Обробка зупиняється через 10 секунд. До 500 000 символів. Перевірте налаштування перед запуском.
Ваш результат
Пошук мотивів послідовності
- Вставте FASTA DNA або RNA без прогалин і введіть мотив IUPAC.
- Виберіть буквальне, можливе або гарантоване зіставлення й один або обидва ланцюги.
- Перевірте координати на прямій початковій послідовності з обома межами включно й завантажте всі збіги.
Що варто знати
Шукає в кожному записі FASTA без урахування регістру, включно з перекривними збігами. Буквальний режим точно порівнює символи. Режим можливого збігу вимагає перетину множин основ IUPAC у кожній позиції. Режим гарантованого збігу вимагає, щоб мотив допускав кожну можливу основу послідовності. Режим обох ланцюгів також шукає зворотний комплемент мотиву й надає координати на початковій прямій послідовності. Паліндромні мотиви можуть давати два рядки для різних ланцюгів в одній позиції. Координати починаються з одиниці та включають обидві межі. Підтримуються лише лінійні DNA або RNA без прогалин; це не вирівнювання, пошук гомології, аналіз варіантів або біологічної значущості. Працює локально без завантаження даних або звернення до баз. Обмеження: 500000 символів введення сумарно, 2000 записів, 2000 помилок перевірки, мотив завдовжки 1000 символів, 20000 збігів і 10000000 порівнянь символів. Перевищення обмеження відхиляє весь звіт. Кожен експорт обмежено 3000000 символів; типізований CSV допускає 200000 значень. Попередній перегляд показує 200 рядків. Обробка зупиняється через 10 секунд.