Iskalnik motivov v zaporedju
Poiščite prekrivajoče se dobesedne ali dvoumno kodirane motive v FASTA DNA ali RNA z izrecnimi pravili verig in ujemanja.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Vaš rezultat
Iskalnik motivov v zaporedju
- Prilepite FASTA DNA ali RNA brez vrzeli in vnesite motiv IUPAC.
- Izberite dobesedno, možno ali zanesljivo ujemanje ter eno ali obe verigi.
- Preglejte koordinate na izvirnem zaporedju v smeri naprej z vključenima mejama in prenesite vsa ujemanja.
Kaj lahko pričakujete
Išče po vseh zapisih FASTA brez razlikovanja velikosti črk in vključuje prekrivajoča se ujemanja. Dobesedni način natančno primerja simbole. Način možnega ujemanja zahteva presek množic baz IUPAC na vsakem položaju. Način zanesljivega ujemanja zahteva, da motiv dopušča vsako možno bazo zaporedja. Način obeh verig poišče tudi obratni komplement motiva in poda koordinate na izvirnem zaporedju v smeri naprej. Palindromski motivi lahko na enem položaju ustvarijo dve vrstici za različni verigi. Koordinate se začnejo z ena in vključujejo obe meji. Podprta sta le linearna DNA ali RNA brez vrzeli; to ni poravnava ali analiza homologije, različic ali biološke pomembnosti. Deluje lokalno brez nalaganja ali poizvedb v zbirkah podatkov. Omejitve: skupaj 500000 vhodnih znakov, 2000 zapisov, 2000 težav pri preverjanju, motiv s 1000 simboli, 20000 ujemanj in 10000000 primerjav simbolov. Prekoračitev omejitve zavrne celotno poročilo. Vsak izvoz je omejen na 3000000 znakov; tipizirani CSV dovoljuje 200000 vrednosti. Predogled prikaže 200 vrstic. Obdelava se ustavi po 10 sekundah.