Ricerca di motivi nelle sequenze
Trova motivi letterali o ambigui sovrapposti in FASTA DNA o RNA con regole esplicite di filamento e corrispondenza.
Cerca in ogni record FASTA senza distinguere maiuscole e minuscole, includendo corrispondenze sovrapposte. La modalità letterale confronta simboli esatti. Quella possibile richiede intersezione fra insiemi di basi IUPAC a ogni posizione. Quella certa richiede che il motivo ammetta ogni base possibile della sequenza. Entrambi i filamenti cerca anche il complemento inverso del motivo, con coordinate sulla sequenza originale diretta. Motivi palindromi possono dare due righe di filamenti diversi alla stessa posizione. Coordinate inclusive a partire da uno. Solo DNA o RNA lineare senza gap; nessuna analisi di allineamento, omologia, varianti o significato biologico. Esecuzione locale senza caricamenti o ricerche in banca dati. Limiti: 500000 caratteri complessivi, 2000 record, 2000 problemi, motivo di 1000 simboli, 20000 corrispondenze e 10000000 confronti. Superare un limite rifiuta l’intero rapporto. Ogni esportazione ha massimo 3000000 caratteri; CSV tipizzato 200000 valori. Anteprima di 200 righe. Elaborazione interrotta dopo 10 secondi. Fino a 500.000 caratteri. Controlla le impostazioni prima di eseguire.
Il tuo risultato
Ricerca di motivi nelle sequenze
- Incolla FASTA DNA o RNA senza gap e inserisci un motivo IUPAC.
- Scegli corrispondenza letterale, possibile o certa e uno o entrambi i filamenti.
- Esamina coordinate inclusive sulla fonte diretta e scarica ogni corrispondenza.
Cosa aspettarsi
Cerca in ogni record FASTA senza distinguere maiuscole e minuscole, includendo corrispondenze sovrapposte. La modalità letterale confronta simboli esatti. Quella possibile richiede intersezione fra insiemi di basi IUPAC a ogni posizione. Quella certa richiede che il motivo ammetta ogni base possibile della sequenza. Entrambi i filamenti cerca anche il complemento inverso del motivo, con coordinate sulla sequenza originale diretta. Motivi palindromi possono dare due righe di filamenti diversi alla stessa posizione. Coordinate inclusive a partire da uno. Solo DNA o RNA lineare senza gap; nessuna analisi di allineamento, omologia, varianti o significato biologico. Esecuzione locale senza caricamenti o ricerche in banca dati. Limiti: 500000 caratteri complessivi, 2000 record, 2000 problemi, motivo di 1000 simboli, 20000 corrispondenze e 10000000 confronti. Superare un limite rifiuta l’intero rapporto. Ogni esportazione ha massimo 3000000 caratteri; CSV tipizzato 200000 valori. Anteprima di 200 righe. Elaborazione interrotta dopo 10 secondi.