Pretraživač motiva u sekvencama
Pronađite preklapajuće doslovne ili dvosmisleno kodirane motive u FASTA DNA ili RNA s izričitim pravilima lanca i podudaranja.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Vaš rezultat
Pretraživač motiva u sekvencama
- Zalijepite FASTA DNA ili RNA bez praznina i unesite motiv IUPAC.
- Odaberite doslovno, moguće ili sigurno podudaranje i jedan ili oba lanca.
- Pregledajte koordinate na izvornoj sekvenci u smjeru naprijed s uključenim granicama i preuzmite sva podudaranja.
Što možete očekivati
Pretražuje svaki zapis FASTA bez razlikovanja velikih i malih slova i uključuje preklapajuća podudaranja. Doslovni način točno uspoređuje simbole. Način mogućeg podudaranja zahtijeva presjek skupova baza IUPAC na svakoj poziciji. Način sigurnog podudaranja zahtijeva da motiv dopušta svaku moguću bazu sekvence. Način oba lanca traži i obrnuti komplement motiva te prikazuje koordinate na izvornoj sekvenci u smjeru naprijed. Palindromski motivi mogu dati dva retka za različite lance na jednoj poziciji. Koordinate počinju od jedan i uključuju obje granice. Podržane su samo linearne DNA ili RNA bez praznina; ovo nije poravnanje ni analiza homologije, varijanti ili biološkog značaja. Radi lokalno bez slanja podataka ili upita bazama podataka. Ograničenja: ukupno 500000 ulaznih znakova, 2000 zapisa, 2000 problema pri provjeri, motiv od 1000 simbola, 20000 podudaranja i 10000000 usporedbi simbola. Prekoračenje ograničenja odbija cijelo izvješće. Svaki izvoz je ograničen na 3000000 znakova; tipizirani CSV dopušta 200000 vrijednosti. Pregled prikazuje 200 redaka. Obrada se zaustavlja nakon 10 sekundi.