Sequenzmotivsuche
Überlappende wörtliche oder mehrdeutig kodierte Motive in DNA- oder RNA-FASTA mit ausdrücklichen Strang- und Abgleichregeln finden.
Durchsucht alle FASTA-Einträge ohne Beachtung der Groß-/Kleinschreibung einschließlich überlappender Treffer. Wörtlicher Modus vergleicht Symbole exakt. Möglicher Modus verlangt überlappende IUPAC-Basenmengen an jeder Position. Sicherer Modus verlangt, dass das Motiv jede mögliche Sequenzbase erlaubt. Beide Stränge durchsucht auch das umgekehrte Motivkomplement und meldet Koordinaten auf der ursprünglichen Vorwärtssequenz. Palindromische Motive können zwei strangspezifische Zeilen an einer Position ergeben. Koordinaten sind einsbasiert und inklusiv. Nur lineare lückenfreie DNA oder RNA; keine Alignment-, Homologie-, Varianten- oder biologische Bedeutungsanalyse. Läuft lokal ohne Upload oder Datenbankabfrage. Grenzen: insgesamt 500000 Eingabezeichen, 2000 Einträge, 2000 Validierungsprobleme, Motiv mit 1000 Symbolen, 20000 Treffer und 10000000 Symbolvergleiche. Grenzverletzung verwirft den gesamten Bericht. Jeder Export höchstens 3000000 Zeichen; typisierte CSV höchstens 200000 Werte. Vorschau mit 200 Zeilen. Verarbeitung endet nach 10 Sekunden. Bis zu 500.000 Zeichen. Prüfe die Einstellungen vor dem Start.
Dein Ergebnis
Sequenzmotivsuche
- Lückenfreie DNA- oder RNA-FASTA einfügen und IUPAC-Motiv eingeben.
- Wörtlichen, möglichen oder sicheren Abgleich sowie einen oder beide Stränge wählen.
- Inklusive Koordinaten auf ursprünglicher Vorwärtssequenz prüfen und alle Treffer herunterladen.
Was du wissen solltest
Durchsucht alle FASTA-Einträge ohne Beachtung der Groß-/Kleinschreibung einschließlich überlappender Treffer. Wörtlicher Modus vergleicht Symbole exakt. Möglicher Modus verlangt überlappende IUPAC-Basenmengen an jeder Position. Sicherer Modus verlangt, dass das Motiv jede mögliche Sequenzbase erlaubt. Beide Stränge durchsucht auch das umgekehrte Motivkomplement und meldet Koordinaten auf der ursprünglichen Vorwärtssequenz. Palindromische Motive können zwei strangspezifische Zeilen an einer Position ergeben. Koordinaten sind einsbasiert und inklusiv. Nur lineare lückenfreie DNA oder RNA; keine Alignment-, Homologie-, Varianten- oder biologische Bedeutungsanalyse. Läuft lokal ohne Upload oder Datenbankabfrage. Grenzen: insgesamt 500000 Eingabezeichen, 2000 Einträge, 2000 Validierungsprobleme, Motiv mit 1000 Symbolen, 20000 Treffer und 10000000 Symbolvergleiche. Grenzverletzung verwirft den gesamten Bericht. Jeder Export höchstens 3000000 Zeichen; typisierte CSV höchstens 200000 Werte. Vorschau mit 200 Zeilen. Verarbeitung endet nach 10 Sekunden.