Dizi motifi bulucu
DNA veya RNA FASTA içinde örtüşen birebir veya belirsizlik kodlu motifleri açık zincir ve eşleşme kurallarıyla bulun.
Her FASTA kaydında harf büyüklüğünden bağımsız arama yapar, örtüşen eşleşmeleri içerir. Birebir kip sembolleri tam karşılaştırır. Olası kip her konumda IUPAC baz kümelerinin kesişmesini ister. Kesin kip dizinin her olası bazına motifin izin vermesini ister. İki zincir kipi motifin ters tamamlayıcısını da arar ve özgün ileri dizideki koordinatları bildirir. Palindromik motifler aynı konumda zincire özel iki satır üretebilir. Koordinatlar bir tabanlı ve uçları dahildir. Yalnızca doğrusal, boşluksuz DNA veya RNA; hizalama, homoloji, varyant veya biyolojik anlam analizi değildir. Yükleme veya veri tabanı sorgusu olmadan yerel çalışır. Sınırlar: toplam 500000 girdi karakteri, 2000 kayıt, 2000 doğrulama sorunu, 1000 sembollü motif, 20000 eşleşme ve 10000000 sembol karşılaştırması. Sınır aşılırsa tam rapor reddedilir. Her dışa aktarım en fazla 3000000 karakter; tür bilgili CSV 200000 değer. Önizleme 200 satır gösterir. İşlem 10 saniye sonra durur. En fazla 500.000 karakter. Çalıştırmadan önce ayarları gözden geçirin.
Sonucunuz
Dizi motifi bulucu
- Boşluksuz DNA veya RNA FASTA yapıştırıp IUPAC motifi girin.
- Birebir, olası veya kesin eşleştirme ile bir veya iki zinciri seçin.
- Özgün ileri dizi üzerindeki uçları dahil koordinatları inceleyip her eşleşmeyi indirin.
Bilmeniz gerekenler
Her FASTA kaydında harf büyüklüğünden bağımsız arama yapar, örtüşen eşleşmeleri içerir. Birebir kip sembolleri tam karşılaştırır. Olası kip her konumda IUPAC baz kümelerinin kesişmesini ister. Kesin kip dizinin her olası bazına motifin izin vermesini ister. İki zincir kipi motifin ters tamamlayıcısını da arar ve özgün ileri dizideki koordinatları bildirir. Palindromik motifler aynı konumda zincire özel iki satır üretebilir. Koordinatlar bir tabanlı ve uçları dahildir. Yalnızca doğrusal, boşluksuz DNA veya RNA; hizalama, homoloji, varyant veya biyolojik anlam analizi değildir. Yükleme veya veri tabanı sorgusu olmadan yerel çalışır. Sınırlar: toplam 500000 girdi karakteri, 2000 kayıt, 2000 doğrulama sorunu, 1000 sembollü motif, 20000 eşleşme ve 10000000 sembol karşılaştırması. Sınır aşılırsa tam rapor reddedilir. Her dışa aktarım en fazla 3000000 karakter; tür bilgili CSV 200000 değer. Önizleme 200 satır gösterir. İşlem 10 saniye sonra durur.