Søgning efter sekvensmotiver
Find overlappende bogstavelige eller tvetydighedskodede motiver i DNA- eller RNA-FASTA med udtrykkelige streng- og matchregler.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Dit resultat
Søgning efter sekvensmotiver
- Indsæt DNA- eller RNA-FASTA uden huller og angiv et IUPAC-motiv.
- Vælg bogstavelig, mulig eller sikker matchning og én eller begge strenge.
- Gennemgå inklusive koordinater i originalens fremadrettede sekvens og download alle fund.
Det skal du vide
Søger i alle FASTA-poster uden forskel på store og små bogstaver og medtager overlappende fund. Bogstavelig tilstand sammenligner symboler præcist. Mulig tilstand kræver fælles IUPAC-baser på hver position. Sikker tilstand kræver, at motivet tillader alle sekvensens mulige baser. Begge strenge søger også motivets omvendte komplement og angiver koordinater i originalens fremadrettede sekvens. Palindrommotiver kan give to strengspecifikke rækker samme sted. Koordinater starter ved én og er inklusive. Kun lineær DNA eller RNA uden huller understøttes; ingen alignering, homologi, variantanalyse eller biologisk betydning udledes. Kører lokalt uden uploads eller databaseopslag. Grænser: 500000 samlede inputtegn, 2000 poster, 2000 valideringsproblemer, motiv på 1000 symboler, 20000 fund og 10000000 symbolsammenligninger. Overskridelse afviser hele rapporten. Hver eksport må have 3000000 tegn; typet CSV tillader 200000 værdier. Forhåndsvisning viser 200 rækker. Behandlingen stopper efter 10 sekunder.