Pencari motif jujukan
Cari motif literal atau berkod kekaburan yang bertindih dalam DNA atau RNA FASTA dengan peraturan bebenang dan padanan jelas.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Hasil anda
Pencari motif jujukan
- Tampal DNA atau RNA FASTA tanpa jurang dan masukkan motif IUPAC.
- Pilih padanan literal, mungkin atau pasti, serta satu atau kedua-dua bebenang.
- Semak koordinat inklusif sumber hadapan dan muat turun setiap padanan.
Apa yang akan berlaku
Mencari setiap rekod FASTA tanpa membezakan huruf besar/kecil, termasuk padanan bertindih. Mod literal membandingkan simbol tepat. Mod mungkin memerlukan persilangan set bes IUPAC pada setiap kedudukan. Mod pasti memerlukan motif membenarkan semua kemungkinan bes jujukan. Mod kedua-dua bebenang turut mencari pelengkap songsang motif dan melaporkan koordinat pada jujukan hadapan asal. Motif palindrom boleh menghasilkan dua baris bebenang berbeza pada satu kedudukan. Koordinat berasaskan satu dan inklusif. Hanya DNA atau RNA linear tanpa jurang; bukan analisis penjajaran, homologi, varian atau kepentingan biologi. Berjalan setempat tanpa muat naik atau carian pangkalan data. Had: 500000 aksara input gabungan, 2000 rekod, 2000 isu pengesahan, motif 1000 simbol, 20000 padanan dan 10000000 perbandingan simbol. Melebihi had menolak laporan lengkap. Setiap eksport maksimum 3000000 aksara; CSV berjenis membenarkan 200000 nilai. Pratonton 200 baris. Pemprosesan berhenti selepas 10 saat.