Järjestuse motiiviotsija
Leidke kattuvad sõnasõnalised või mitmetähenduslikult kodeeritud motiivid DNA või RNA FASTA-s selgete ahela- ja vastendusreeglitega.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Sinu tulemus
Järjestuse motiiviotsija
- Kleepige lünkadeta DNA või RNA FASTA ja sisestage IUPAC-motiiv.
- Valige sõnasõnaline, võimalik või kindel vastendus ja üks või mõlemad ahelad.
- Kontrollige algse pärisuunalise järjestuse otspunkte sisaldavaid koordinaate ja laadige alla kõik vasted.
Mida tasub teada
Otsib kõigist FASTA-kirjetest tõstutundetult, kaasates kattuvad vasted. Sõnasõnaline režiim võrdleb sümboleid täpselt. Võimalik režiim nõuab IUPAC-aluste hulkade ühisosa igal positsioonil. Kindel režiim nõuab, et motiiv lubaks iga võimaliku järjestuse aluse. Mõlema ahela režiim otsib ka motiivi pöördkomplementi ja esitab koordinaadid algsel pärisuunalisel järjestusel. Palindroomsed motiivid võivad anda ühel positsioonil kaks ahelapõhist rida. Koordinaadid algavad ühest ja sisaldavad otspunkte. Toetatakse ainult lineaarset lünkadeta DNA või RNA järjestust; see pole joondus-, homoloogia-, variandi- ega bioloogilise tähenduse analüüs. Töötab kohapeal üleslaadimiste ja andmebaasipäringuteta. Piirangud: kokku 500000 sisendmärki, 2000 kirjet, 2000 kontrolliviga, 1000 sümboli pikkune motiiv, 20000 vastet ja 10000000 sümbolivõrdlust. Piiri ületamisel lükatakse kogu aruanne tagasi. Iga eksport on kuni 3000000 märki; tüübistatud CSV lubab 200000 väärtust. Eelvaates on 200 rida. Töötlus peatub 10 sekundi pärast.