Sökning efter sekvensmotiv
Hitta överlappande bokstavliga eller tvetydighetskodade motiv i DNA- eller RNA-FASTA med tydliga sträng- och matchregler.
Söker i alla FASTA-poster utan hänsyn till skiftläge och inkluderar överlappande träffar. Bokstavligt läge jämför symboler exakt. Möjligt läge kräver överlappande IUPAC-basmängder vid varje position. Säkert läge kräver att motivet tillåter alla möjliga sekvensbaser. Läget för båda strängarna söker också motivets omvända komplement och rapporterar koordinater på ursprunglig framåtsekvens. Palindrommotiv kan ge två strängspecifika rader på samma position. Koordinater är enbaserade och inklusiva. Endast linjär DNA eller RNA utan luckor stöds; detta analyserar inte justering, homologi, varianter eller biologisk betydelse. Körs lokalt utan uppladdning eller databasuppslag. Gränser: 500000 sammanlagda indatatecken, 2000 poster, 2000 valideringsproblem, motiv på 1000 symboler, 20000 träffar och 10000000 symboljämförelser. Överskridande avvisar hela rapporten. Varje export begränsas till 3000000 tecken; typad CSV tillåter 200000 värden. Förhandsvisning visar 200 rader. Bearbetning stoppas efter 10 sekunder. Upp till 500 000 tecken. Kontrollera inställningarna innan du kör.
Ditt resultat
Sökning efter sekvensmotiv
- Klistra in DNA- eller RNA-FASTA utan luckor och ange ett IUPAC-motiv.
- Välj bokstavlig, möjlig eller säker matchning och en eller båda strängarna.
- Granska inklusiva koordinater på ursprunglig framåtsekvens och ladda ned alla träffar.
Vad du kan förvänta dig
Söker i alla FASTA-poster utan hänsyn till skiftläge och inkluderar överlappande träffar. Bokstavligt läge jämför symboler exakt. Möjligt läge kräver överlappande IUPAC-basmängder vid varje position. Säkert läge kräver att motivet tillåter alla möjliga sekvensbaser. Läget för båda strängarna söker också motivets omvända komplement och rapporterar koordinater på ursprunglig framåtsekvens. Palindrommotiv kan ge två strängspecifika rader på samma position. Koordinater är enbaserade och inklusiva. Endast linjär DNA eller RNA utan luckor stöds; detta analyserar inte justering, homologi, varianter eller biologisk betydelse. Körs lokalt utan uppladdning eller databasuppslag. Gränser: 500000 sammanlagda indatatecken, 2000 poster, 2000 valideringsproblem, motiv på 1000 symboler, 20000 träffar och 10000000 symboljämförelser. Överskridande avvisar hela rapporten. Varje export begränsas till 3000000 tecken; typad CSV tillåter 200000 värden. Förhandsvisning visar 200 rader. Bearbetning stoppas efter 10 sekunder.