Търсене на мотиви в последователности
Намерете припокриващи се буквални или нееднозначно кодирани мотиви във FASTA DNA или RNA с ясни правила за веригите и съпоставянето.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Вашият резултат
Търсене на мотиви в последователности
- Поставете FASTA DNA или RNA без празнини и въведете мотив IUPAC.
- Изберете буквално, възможно или сигурно съпоставяне и едната или двете вериги.
- Прегледайте координатите върху първоначалната права последователност с включени граници и изтеглете всички съвпадения.
Какво да очаквате
Търси във всеки запис FASTA без разлика между главни и малки букви, включително припокриващи се съвпадения. Буквалният режим сравнява символите точно. Режимът за възможно съвпадение изисква пресичащи се множества от бази IUPAC на всяка позиция. Режимът за сигурно съвпадение изисква мотивът да допуска всяка възможна база на последователността. Режимът за двете вериги търси и обратния комплемент на мотива и показва координати върху първоначалната права последователност. Палиндромните мотиви могат да дадат два реда за различни вериги на една позиция. Координатите започват от единица и включват двете граници. Поддържат се само линейни DNA или RNA без празнини; това не е подравняване, анализ на хомология, варианти или биологична значимост. Работи локално без качване или заявки към бази данни. Ограничения: общо 500000 входни символа, 2000 записа, 2000 проблема при проверка, мотив от 1000 символа, 20000 съвпадения и 10000000 сравнения на символи. Превишаването на ограничение отхвърля целия отчет. Всеки експорт е ограничен до 3000000 символа; типизираният CSV допуска 200000 стойности. Прегледът показва 200 реда. Обработката спира след 10 секунди.