配列モチーフ検索
明示的な鎖と一致規則に従い、DNA または RNA FASTA 内の重複する文字どおりのモチーフや曖昧性コードのモチーフを検索します。
各 FASTA レコードを大文字小文字を区別せず検索し、重複する一致も含めます。文字どおりモードは記号を完全一致で比較します。可能モードは各位置で IUPAC 塩基集合に共通要素があることを要求します。確実モードは配列のすべての可能な塩基がモチーフで許容されることを要求します。両鎖モードはモチーフの逆相補配列も検索し、元の順方向配列上の座標を報告します。回文モチーフでは同じ位置に鎖別の二行が生じる場合があります。座標は一始まりで両端を含みます。対応するのは線状でギャップのない DNA または RNA のみです。アラインメント、相同性、変異、生物学的意義の解析ではありません。 アップロードやデータベース検索なしでローカル実行します。上限は入力合計500000文字、2000レコード、2000検証問題、1000記号のモチーフ、20000一致、10000000回の記号比較です。上限を超えるとレポート全体を拒否します。各エクスポートは3000000文字まで、型付き CSV は200000値までです。プレビューは200行です。処理は10秒で停止します。 最大500,000文字。 実行前に設定を確認してください。
処理結果
配列モチーフ検索
- ギャップのない DNA または RNA FASTA を貼り付け、IUPAC モチーフを入力します。
- 文字どおり、可能、確実の一致規則と、片鎖または両鎖を選択します。
- 元の順方向配列で両端を含む座標を確認し、すべての一致をダウンロードします。
できること・制限
各 FASTA レコードを大文字小文字を区別せず検索し、重複する一致も含めます。文字どおりモードは記号を完全一致で比較します。可能モードは各位置で IUPAC 塩基集合に共通要素があることを要求します。確実モードは配列のすべての可能な塩基がモチーフで許容されることを要求します。両鎖モードはモチーフの逆相補配列も検索し、元の順方向配列上の座標を報告します。回文モチーフでは同じ位置に鎖別の二行が生じる場合があります。座標は一始まりで両端を含みます。対応するのは線状でギャップのない DNA または RNA のみです。アラインメント、相同性、変異、生物学的意義の解析ではありません。 アップロードやデータベース検索なしでローカル実行します。上限は入力合計500000文字、2000レコード、2000検証問題、1000記号のモチーフ、20000一致、10000000回の記号比較です。上限を超えるとレポート全体を拒否します。各エクスポートは3000000文字まで、型付き CSV は200000値までです。プレビューは200行です。処理は10秒で停止します。