מאתר מוטיבים ברצף
אתר מוטיבים חופפים מילוליים או מקודדי עמימות ב-FASTA של DNA או RNA, עם כללים מפורשים לגדילים ולהתאמה.
מחפש בכל רשומת FASTA ללא הבחנה בין אותיות גדולות וקטנות וכולל התאמות חופפות. המצב המילולי משווה סמלים בדיוק. מצב התאמה אפשרית מחייב חיתוך בין קבוצות בסיסי IUPAC בכל מיקום. מצב התאמה ודאית מחייב שהמוטיב יאפשר כל בסיס אפשרי ברצף. מצב שני הגדילים מחפש גם את המשלים ההפוך של המוטיב ומדווח על קואורדינטות ברצף המקורי הקדמי. מוטיבים פלינדרומיים יכולים להפיק שתי שורות לגדילים שונים באותו מיקום. הקואורדינטות מתחילות באחת וכוללות את שני הקצוות. נתמכים רק רצפי DNA או RNA ליניאריים ללא פערים; זה אינו יישור או ניתוח הומולוגיה, וריאנטים או משמעות ביולוגית. פועל מקומית ללא העלאה או שאילתות למאגרי מידע. מגבלות: 500000 תווי קלט בסך הכול, 2000 רשומות, 2000 בעיות אימות, מוטיב באורך 1000 סמלים, 20000 התאמות ו-10000000 השוואות סמלים. חריגה ממגבלה דוחה את הדוח כולו. כל ייצוא מוגבל ל-3000000 תווים; CSV עם סוגי נתונים מאפשר 200000 ערכים. התצוגה המקדימה מציגה 200 שורות. העיבוד נפסק לאחר 10 שניות. עד 500,000 תווים. בדקו את ההגדרות לפני ההרצה.
התוצאה שלכם
מאתר מוטיבים ברצף
- הדבק FASTA של DNA או RNA ללא פערים והזן מוטיב IUPAC.
- בחר התאמה מילולית, אפשרית או ודאית וגדיל אחד או את שניהם.
- בדוק קואורדינטות על הרצף המקורי הקדמי, כולל הקצוות, והורד את כל ההתאמות.
מה צפוי לקרות
מחפש בכל רשומת FASTA ללא הבחנה בין אותיות גדולות וקטנות וכולל התאמות חופפות. המצב המילולי משווה סמלים בדיוק. מצב התאמה אפשרית מחייב חיתוך בין קבוצות בסיסי IUPAC בכל מיקום. מצב התאמה ודאית מחייב שהמוטיב יאפשר כל בסיס אפשרי ברצף. מצב שני הגדילים מחפש גם את המשלים ההפוך של המוטיב ומדווח על קואורדינטות ברצף המקורי הקדמי. מוטיבים פלינדרומיים יכולים להפיק שתי שורות לגדילים שונים באותו מיקום. הקואורדינטות מתחילות באחת וכוללות את שני הקצוות. נתמכים רק רצפי DNA או RNA ליניאריים ללא פערים; זה אינו יישור או ניתוח הומולוגיה, וריאנטים או משמעות ביולוגית. פועל מקומית ללא העלאה או שאילתות למאגרי מידע. מגבלות: 500000 תווי קלט בסך הכול, 2000 רשומות, 2000 בעיות אימות, מוטיב באורך 1000 סמלים, 20000 התאמות ו-10000000 השוואות סמלים. חריגה ממגבלה דוחה את הדוח כולו. כל ייצוא מוגבל ל-3000000 תווים; CSV עם סוגי נתונים מאפשר 200000 ערכים. התצוגה המקדימה מציגה 200 שורות. העיבוד נפסק לאחר 10 שניות.