Sekos motyvų ieškiklis
Raskite persidengiančius pažodinius ar nevienareikšmiškai koduotus motyvus DNA arba RNA FASTA su aiškiomis grandinių ir atitikimo taisyklėmis.
Searches every FASTA record case-insensitively and includes overlapping matches. Literal mode compares symbols exactly. Possible mode requires intersecting IUPAC base sets at every position. Certain mode requires every possible sequence base to be allowed by the motif. Both-strand mode also searches the reverse complement of the motif and reports coordinates on the original forward sequence. Palindromic motifs can produce two strand-specific rows at one position. Coordinates are one-based and inclusive. Only linear, gap-free DNA or RNA is supported; this is not alignment, homology, variant or biological significance analysis. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Jūsų rezultatas
Sekos motyvų ieškiklis
- Įklijuokite DNA arba RNA FASTA be tarpų ir įveskite IUPAC motyvą.
- Pasirinkite pažodinį, galimą arba tikrą atitikimą ir vieną ar abi grandines.
- Peržiūrėkite pradinės tiesioginės sekos koordinates su abiem galais ir atsisiųskite visus atitikmenis.
Ką verta žinoti
Ieško kiekviename FASTA įraše neskirdamas raidžių registro, įskaitant persidengiančius atitikmenis. Pažodinis režimas tiksliai lygina simbolius. Galimo atitikimo režimas reikalauja IUPAC bazių aibių sankirtos kiekvienoje pozicijoje. Tikro atitikimo režimas reikalauja, kad motyvas leistų kiekvieną galimą sekos bazę. Abiejų grandinių režimas taip pat ieško motyvo atvirkštinės komplementarios sekos ir pateikia koordinates pradinėje tiesioginėje sekoje. Palindrominiai motyvai vienoje pozicijoje gali pateikti dvi skirtingų grandinių eilutes. Koordinatės skaičiuojamos nuo vieneto ir apima abu galus. Palaikomos tik tiesinės DNA arba RNA sekos be tarpų; tai nėra lygiavimo, homologijos, variantų ar biologinės reikšmės analizė. Veikia vietoje be įkėlimo ar duomenų bazės paieškos. Ribos: iš viso 500000 įvesties simbolių, 2000 įrašų, 2000 patikros problemų, 1000 simbolių motyvas, 20000 atitikmenų ir 10000000 simbolių palyginimų. Viršijus ribą atmetama visa ataskaita. Kiekvienas eksportas ribojamas iki 3000000 simbolių; tipizuotame CSV leidžiama 200000 reikšmių. Peržiūroje rodoma 200 eilučių. Apdorojimas nutraukiamas po 10 sekundžių.