Recherche de motifs de séquence
Repérez les motifs littéraux ou ambigus chevauchants dans le FASTA DNA ou RNA, avec règles explicites de brin et correspondance.
Cherche dans tous les enregistrements FASTA sans distinguer la casse et conserve les correspondances chevauchantes. Le mode littéral compare les symboles exactement. Le mode possible exige une intersection des ensembles IUPAC à chaque position. Le mode certain exige que le motif autorise toute base possible de la séquence. Le mode deux brins cherche aussi le complément inverse du motif et rapporte les coordonnées sur la séquence originale directe. Les palindromes peuvent produire deux lignes de brins différents à une position. Coordonnées inclusives à partir de un. Uniquement DNA ou RNA linéaire sans lacunes ; aucune analyse d’alignement, homologie, variant ou signification biologique. Calcul local sans téléversement ni recherche en base. Limites : 500000 caractères cumulés, 2000 enregistrements, 2000 problèmes, motif de 1000 symboles, 20000 correspondances et 10000000 comparaisons. Tout dépassement rejette le rapport entier. Chaque export est limité à 3000000 caractères ; le CSV typé à 200000 valeurs. Aperçu de 200 lignes. Arrêt après 10 secondes. Jusqu’à 500 000 caractères. Vérifiez les réglages avant de lancer l’analyse.
Votre résultat
Recherche de motifs de séquence
- Collez du FASTA DNA ou RNA sans lacunes et entrez un motif IUPAC.
- Choisissez la correspondance littérale, possible ou certaine, puis un ou deux brins.
- Examinez les coordonnées inclusives de la source directe et téléchargez toutes les correspondances.
À savoir
Cherche dans tous les enregistrements FASTA sans distinguer la casse et conserve les correspondances chevauchantes. Le mode littéral compare les symboles exactement. Le mode possible exige une intersection des ensembles IUPAC à chaque position. Le mode certain exige que le motif autorise toute base possible de la séquence. Le mode deux brins cherche aussi le complément inverse du motif et rapporte les coordonnées sur la séquence originale directe. Les palindromes peuvent produire deux lignes de brins différents à une position. Coordonnées inclusives à partir de un. Uniquement DNA ou RNA linéaire sans lacunes ; aucune analyse d’alignement, homologie, variant ou signification biologique. Calcul local sans téléversement ni recherche en base. Limites : 500000 caractères cumulés, 2000 enregistrements, 2000 problèmes, motif de 1000 symboles, 20000 correspondances et 10000000 comparaisons. Tout dépassement rejette le rapport entier. Chaque export est limité à 3000000 caractères ; le CSV typé à 200000 valeurs. Aperçu de 200 lignes. Arrêt après 10 secondes.