FASTA-tarkistin
Etsi virheelliset FASTA-tietueet sekä virheelliset DNA-, RNA- ja proteiinisymbolit rivi- ja sarakediagnostiikalla.
Checks a strict FASTA profile with one header line beginning with >, a unique first-token identifier and a nonempty sequence for each record. DNA and RNA use separate IUPAC alphabets. Protein accepts the standard amino acids plus B, X, Z, J, U, O and *. Lowercase is accepted. Empty lines are ignored; sequence whitespace, digits, comments, mixed T/U and unsupported symbols are reported with line and column. Optional gaps are literal -. This is format validation, not a GenBank submission check or biological quality assessment. Runs locally without uploads or database lookup. Limit: 500000 combined input characters, 2000 records, 2000 validation issues, a 1000-symbol motif, 20000 matches and 10000000 symbol comparisons. Exceeding a limit rejects the complete report. Each export is limited to 3000000 characters; typed CSV allows 200000 values. Preview shows 200 rows. Processing stops after 10 seconds. Up to 500,000 characters. Review the settings before running.
Tuloksesi
FASTA-tarkistin
- Liitä FASTA-tietueet ja valitse DNA, RNA tai proteiini.
- Salli kirjaimelliset kohdistusaukot vain, jos syöte käyttää niitä.
- Tarkista jokainen virhe ja lataa koko diagnostiikkaraportti.
Mitä on hyvä tietää
Tarkistaa tiukan FASTA-muodon: kullakin tietueella on >-merkillä alkava otsakerivi, yksilöllinen ensimmäisestä sanasta muodostuva tunniste ja epätyhjä sekvenssi. DNA ja RNA käyttävät erillisiä IUPAC-aakkostoja. Proteiineille hyväksytään tavalliset aminohapot sekä B, X, Z, J, U, O ja *. Pienet kirjaimet hyväksytään. Tyhjät rivit ohitetaan; sekvenssin välilyönnit, numerot, kommentit, sekoitetut T/U-merkit ja tuntemattomat symbolit ilmoitetaan riveineen ja sarakkeineen. Valinnaiset aukot ovat kirjaimellisia - merkkejä. Tämä tarkistaa muodon, ei GenBank-lähetyskelpoisuutta tai biologista laatua. Toimii paikallisesti ilman lähetyksiä tai tietokantahakuja. Rajat: yhteensä 500000 syötemerkkiä, 2000 tietuetta, 2000 tarkistusvirhettä, 1000 symbolin motiivi, 20000 osumaa ja 10000000 symbolivertailua. Rajan ylitys hylkää koko raportin. Kukin vienti on enintään 3000000 merkkiä; tyypitetty CSV sallii 200000 arvoa. Esikatselu näyttää 200 riviä. Käsittely pysähtyy 10 sekunnin jälkeen.